Trước chiến tranh

Đại chiến Ninja lần thứ ba (第三次忍界大戦, Daisanji Ninkai Taisen) là cuộc chiến thứ ba trong bốn cuộc chiến tranh ninja liên quan đến phần lớn các làng ninja lớn. Chiến tranh xảy ra hơn mười lăm năm trước khi bắt đầu bộ truyện và đã được thường xuyên nhắc đến trong series Kakashi Gaiden. Do sự suy giảm sức mạnh quốc gia, các triều đại của Ngũ Đại Quốc có nguy cơ đổ nát. Ở biên giới các nước lớn, những cuộc xung đột với các quốc gia nhỏ hơn nổ ra. Cuộc chiến tranh kéo dài dần dần lan rộng ra, cho đến khi nó phát triển thành chiến tranh thế giới ninja lần thứ ba. Cuộc chiến tranh này đã biến thành một cuộc chiến tiêu hao chưa từng có, hành hạ tất cả các quốc gia với tình trạng thiếu khả năng chiến tranh. Thậm chí với cả một làng lớn như Konoha, nhiều đứa trẻ, một số người trong số đó hầu như chưa tốt nghiệp Học viện đã bị ném ra chiến trường, chỉ để sớm mất mạng.

Chiến tranh

Làng Đá khi tiến vào làng Cỏ đã vấp phải sự kháng cự của làng Lá. Sự kiện cầu Kannabi - một tuyến đường tiếp tế quan trọng của làng Đá bị phá hủy đã đem lại chiến thắng cho làng Lá.

Làng Cát, làng Mây cũng tham chiến. Có nhiều cuộc đụng độ đã xảy ra giữa làng Đá và làng Mây. Raikage đệ tam chết trong cuộc chiến này và Raikage đệ tứ được bổ nhiệm. Cuộc chiến giữa làng Mây và làng Lá cũng được nhắc đến với trận chiến giữa Namikaze Minato và bộ đôi AB. Hai làng đã ký hòa ước, mặc dù trong quá trình đó đã diễn ra sự kiện làng Mây cố lấy trộm byakugan.

Làng Sương mù cũng tham dự cuộc chiến chống lại làng Lá khi biến Rin Nohara thành vật chủ Tam vĩ. Ao từ làng sương mù đã đánh bại và lấy được Byakugan từ một thành viên tộc Hyuga qua đó nhận ra sự bất thường của Mizukage tại nhiệm.

Tsuchikage Đệ tam và Hokage Đệ tam đã nỗ lực ký hiệp ước nhằm kết thúc cuộc chiến bất chấp áp lực từ các phe phái diều hâu. Tuy nhiên, làng Đá chỉ chịu ký hiệp ước khi một mình Minato đã đánh bại cuộc xâm lược bao gồm hàng nghìn shinobi làng Đá vào làng Cỏ.Các nhẫn giả làng khác đã nhận được lệnh "thấy là chạy" khi Namikaze Minato ở trên chiến trường vì với nhẫn thuật dịch chuyển đặc biệt của mình, anh đã quét sạch 1 nhóm shinobi chỉ trong vài giây ngán ngủi.

Sau cuộc chiến

Minato Namikaze là một yếu tố quan trọng trong Konoha giúp Konoha chiến thắng, và được đặt biệt danh Tia chớp vàng làng Lá (木ノ葉の黄色い閃光, Konoha no Kiiroi Senko) sau đó đã trở thành Hokage Đệ Tứ (四代目火影, Yondaime Hokage) vào thời điểm kết thúc cuộc chiến.

Kakashi Hatake, học trò của Minato, có được Sharingan trong mắt từ đồng đội của mình, Obito Uchiha trong nhiệm vụ để tiêu diệt cầu Kannabi và tiếp tục nổi danh với biệt hiệu Ninja sao chép Kakashi (コピー忍者のカカシ, Kopi Ninja no Kakashi).

Obito Uchiha được cứu bởi Madara Uchiha. Sau khi chứng kiến cái chết của Rin Nohara , người anh yêu , Obito mất tất cả hy vọng và đánh thức Mangekyō Sharingan. Obito sau đó kế tục kế hoạch của Madara sau khi hắn chết để hoàn thành kế hoạch Nguyệt Nhãn và cuối cùng đã châm ngòi cho cuộc chiến tranh thế giới ninja lần thứ tư.

Itachi Uchiha đã bị tổn thương bởi bạo lực của cuộc chiến và thành một người tìm kiếm hòa bình bằng mọi giá: một kinh nghiệm mà sẽ định hình các phần còn lại của cuộc đời mình.

Sasori có được danh tiếng Sasori của Cát Đỏ (赤砂のサソリ, Akasuna no Sasori), do thói quen nhuộm đỏ cát với máu của kẻ thù. Một thời gian sau đó, Sasori rời làng. Nhiều năm sau, ông bí mật giết Kazekage Đệ Tam và biến ông ta thành một trong những con rối người được yêu thích nhất của mình, dẫn đến việc bổ nhiệm Kazekage Đệ tứ sau những đợt tìm kiếm vô ích của làng Cát.

Tại trận đèo Kikyo, Kabuto Yakushi đã được tìm thấy như một đứa trẻ mồ côi.

Tại Làng Mưa, Yahiko, Nagato, Konan, và nhiều shinobi khác hình thành một nhóm ninja gọi là Akatsuki. Ban đầu, họ chỉ rao giảng hòa bình cho Amegakure. Họ gặt hái được nhiều thành công và thậm chí còn mời được Hanzō hợp tác với mình. Trong anime, họ vô tình phá vỡ nỗ lực của Danzo để phá vỡ một lệnh ngừng bắn giữa làng Lá và làng Đá. Danzo đã sử dụng xác chết để đổ cho Akatsuki giết shinobi làng Mưa. Hanzō lo sợ rằng Akatsuki sẽ đối mặt và sẽ chiếm đoạt quyền lực của mình. Ông phản bội họ và gọi sự hỗ trợ của Danzo và Anbu Gốc. Cuộc đối đầu giữa hai bên dẫn đến Yahiko tự sát. Nagato phản ứng bằng cách triệu tập Ngoại đạo quỷ Tượng, tàn sát tất cả các ninja làng Mưa và Anbu gốc, những người đã được chỉ thị để giết Nagato. Sự việc này đã không thể tiêu diệt nhóm và dẫn đến một cuộc nội chiến với kết thúc là Nagato trở thành lãnh đạo mới của làng Mưa và sự hủy diệt hoàn toàn của phe Hanzō.